Research Interests
Bio-mathématiques orientées vers la biologie intégrative, la métabolomique et la fluxomique.
- Modélisation du métabolisme par des méthodes d’optimisation sous contraintes (FBA, …).
- Modélisation par Equations Différentielles Ordinaires: du métabolisme mitochondrial (cycle de krebs, chaine respiratoire,…), du métabolisme du fruit, des oscillations de calcium, …
- Identifiabilité de paramètres
- Systèmes différentiels de grande taille.
Thèmes passés : équations intégrales de frontière, éléments finis.
Communications à des conférences internationales/Conferences
- 10/2016 International Study Group on Systems Biology, Jena, Germany. Poster « How to optimize metabolites concentrations and fluxes in a metabolic pathway« .
- 09/2013 The Metabolic Pathway Analysis, in Oxford, UK. « The tomato fruit development with a constraint-based model « .
- 09/2012 International Study Group on Systems Biology, Ameland, The Netherlands. Poster « The metabolic network of tomato« .
- 09/2011 Metabolic Pathway Analysis Conference, Chester, UK. Poster « A Simple Model of Energy Metabolism« .
- 06/2010 Bordeaux (Labri) – 3nd Workshop on MAS in Biology at meso or macroscopic scales. « Estimation of model parameters: application to the complex I of the mitochondrial respiratory chain« .
- 03/2010 Systems Biochemistry Conference, York, UK. Poster « Extended Mass Action Equation: an alternative to complex kinetic equation« .
- 07/2007 Conference on Computational and Mathematical Population Dynamics II, Campinas, Brésil. « Mitochondrial energy metabolism modeling« .
- 06/06 Conférence satellite Journées Ouvertes Biol. Info. Math., Bordeaux. « A simplified model of TCA cycle with ATP production« .
- 06/06 Marrakech world conference on differential equations and applications. « A simplified model of TCA cycle« .
- 06/06 6ème Conférence Internationale AIMS, Systèmes dynamiques, Equations différentielles et applications, Poitiers. « A simplified model of TCA cycle with ATP production«
Autres Communications (depuis 2006)
- 11/18 Workshop Ecologie Numérique – Modélisation en santé végétale: Quel modèle pour quelles données ?, IMB. « Modélisation des modifications métaboliques majeures au cours du développement du fruit de tomate (pour trois conditions: témoin, stress hydrique et ombrage). »
- 06/16 Séminaire de l’équipe Dynamique des populations, Institut de Mathématiques de Bordeaux « Modélisation du fonctionnement de la cellule au niveau moléculaire: application à la tomate ».
- 06/10 Brest – Mitochondrial Modelling Project Meeting. Estimation of model parameters: application to the complex I of the mitochondrial respiratory chain.
- 07/09 Berlin – Understanding metabolic robustness via dynamical transistions meeting. Equilibrium constants : implication on TCA cycle.
- 01/09 Oxford – Mitochondrial Modelling Project Meeting. Reduced TCA cycle Model.
Financements des projets
- Membre du projet ANR » FRIMOUSS – Modélisation intégrative du fruit pour un système de sélection unifié » (2015-2019).
- Membre du projet ERASysBio » FRIM – Fruit Integrative Modelling » (2009-2012).
- Membre de l’ANR-BBSRC SYSTEM BIOLOGY (SysBio) MitoScop (2007-2010).
- Membre du GDR CNRS MABEM (Modélisation mathématique en biologie et en médecine).
- Membre de l’ACI IMPBio MitoScop (2005-2008).